Les zones côtières constituent des espaces d’interface entre la mer, la terre et l’atmosphère. Ces zones sont très productives bien qu’elles ne représentent que 7% de la surface des mers (Walsh, 1988; Nixon, 2003). Situées à l’embouchure des rivières, ces zones côtières agissant comme de véritables fronts hydrologiques, et sont caractérisées par d’importantes concentrations en nutriments et une forte production primaire (Levin et al., 2015; Newton et al., 2012) et présentent un intérêt biologique majeur. Leur niveau de production secondaire est très élevé, et sont peuplées par des communautés animales le plus souvent composées d’espèces à croissance rapide et à forte productivité (Gaudy et al., 2003). De plus, elles constituent un lieu de passage obligatoire pour de nombreux organismes marins à un moment particulier de leur cycle biologique (Day et al., 1989), ce qui contribue encore à accroître l’importance de la biomasse présente. L’ensemble de ces caractéristiques place les zones marines côtières situées à l’embouchure des fleuves parmi les écosystèmes les plus productifs de la planète (Béthoux et al., 1998; Durrieu de Madron et al., 2011) et explique l’intense exploitation dont elles font l’objet dans le monde entier. Dans le contexte socio-économique actuel, avec l’émergence d’une conscience collective de la nécessité d’une gestion rationnelle des ressources vivantes marines, mieux comprendre leur fonctionnement est devenu une priorité. Les apports continentaux s’y superposent aux éléments nutritifs déjà présents dans le milieu marin et influencent de façon considérable la productivité et le fonctionnement de ces écosystèmes (Bosc et al., 2004 ; Montagna et al., 2002). De plus, les crues conjoncturelles injectent également de fortes quantités de matière organique particulaire et divers particules d’origine terrestre. Son influence sur la dynamique temporelle des communautés marines à l’embouchure peut s’avérer primordiale, notamment dans le cas de mers semi-ouvertes ou oligotrophes comme la Méditerranée (Caddy, 2000 ; Durrieu de Madron et al., 2011; Margalef, 1985). Plus en amont, au niveau du bassin versant alimentant la zone côtière, la surexploitation des eaux souterraines, le drainage des zones humides, la construction des barrages, la déforestation et l’érosion des sols agricoles (Vِrِsmarty & Sahagian, 2000), occasionnent d’importantes influences sur ces systèmes côtiers déjà fragiles du fait de leurs faibles profondeurs. En dépit de ces perturbations, la relation directe entre les apports hydriques de nutriments fluviaux et de la productivité biologique des écosystèmes marins est universellement bien établit (Estrada, 1996 ; Tsai et al., 1997, Daskalov, 1999 ; Lloret et al., 2004). En tant que zones de transitions entre le continent et la mer ouverte, les zones côtières forment des écosystèmes particuliers, caractérisés par d’intenses échanges et transformations chimiques, physiques et biologiques (Telesh, 2004). Elles constituent donc de véritables zones filtres (Lisitzin, 1999; Conley et al., 2000 ; Canton et al., 2012; Hallas and Huettel, 2013) en piégeant les nutriments et les contaminants et par les transformations biologiques de la matière introduite à la côte. Sur un autre plan écologique, des relations directes entre l’importance des apports en eaux douces et les nutriments qui s’en issus et la production biologique littorale sont maintenant bien établis (Deegan et al., 1986; Budgen et al., 1982; El-Sayed et van Gert, 1995; Estrada, 1996; Tsai et al., 1997; Postel et al., 1998; Daskalov, 1999). L’environnement côtier peut donc être hautement contrôlé par les enrichissements en nutriments d’origines fluviale et estuarienne.