La restauration, la conservation et la gestion des plans d’eau nécessitent une connaissance précise de leur état trophique. Le suivi et l’évaluation des différentes composantes (biotiques etabiotiques) permettent d’évaluer cet état par rapport à un écosystème sain déréférence. Ce travail vise à caractériser les eaux dans deux écosystèmes lacustres différents, l’écosystème lagunaire d’El Mellah et d’un plan d’eau douce le lac Oubeira par le dosage des paramètres physico chimiques de l’eau, et à identifier et à dénombrer le peuplement zooplanctonique, ensuite à rechercher l’influence de certains paramètres environnementaux sur la dynamique spatio-temporelle du zooplancton par l’application de tests statistiques. L’échantillonnage est réalisé, selon un pas mensuel dans 11 et 9 stations de prélèvement respectivement dans le lac Oubeira et dans la lagune El Mellah. La comparaison des médianes des paramètres physico chimiques mesurés (test de Kruskal Wallis) montre l’existence de différences saisonnières significatives (P<0.001) pour tous les paramètres physico-chimiques sauf les MES et PO4 (p<0.05); En ce qui concerne les stations, une différence significative est notée pour NH4 (P<0.001), pour PO4 et pour MES (P<0.05). L’observation des caractères morpho anatomiques du zooplancton collecté dans les eaux du lac Oubeira, nous a permis d’identifier 71 espèces rattachées àtroisgroupes taxonomiques (43 espècesde Rotifères, 17 espèces de Cladocères et 11 espèces de Copépodes). En termes d’abondance nous notons la dominance des Cladocères qui représentent 56% de l’abondance globale du zooplancton collecté dans l’Oubeira; quant aux Rotifèreset aux Copépodes ils représentent respectivement 26 et 18% de la population zooplanctonique présente dans le lac Oubeira. Nous notons, par ailleurs, la prédominance des Cladocères au printemps et en hiver (respectivement 84 et 37% de l’abondance globale saisonnière) et celle des Rotifères en été et en automne (respectivement 64 et 48%). En ce qui concerne les Copépodes, ils viennent toujours en 2ème position et suivent selon la saison l’ordre décroissant Automne> Hiver> Eté >Printemps.Dans l’Oubeira, les valeurs des paramètres structuraux (richesse spécifique, indice de Shannon et Weaver (H’), Equitabilité (J) et indice de Simpson (D)) les plus élevés sont notées dans la station S11 pour les trois groupes zooplanctoniques(Cladocères, Rotifères et Copépodes). Nous notons, la prédominance de l’espèce Bosmina longirostris chez les Cladocères, celles de Keratella tropica et Brachionus diversicornischez les Rotifères et celles d’Acanthocyclops robustus et Megacyclops viridis chez les Copépodes. Les analyses statistiques ont montré l’importance de certaines variables environnementales sur la structure saisonnière des groupes zooplanctoniques rencontrés dans les deux plans d’eau ; Nous notons, en effet, une corrélation positive de la température et des nutriments avec les espèces de rotifères (Keratella tropica et Brachionus diversicornis) et de copépodes(Acanthocyclops robustus et Megacyclops viridis) ; en revanche, la corrélation de ces deux variables environnementales avecl’espèce Bosmina longirostris est négative. Dans la lagune El Mellah,nous avons recensé 3 espèces de copépodes : Oithona nana (cyclopoide), Acartia latisetosa etCentropages typicus (calanoide). En termes d’abondance, nous notons la dominance de l’espèce Oithona nana (43% de l’abondance totale) ; cette dernière est suivie par Centropages typicus (36%) et Acartia latisetosa (21%). Les valeurs des paramètres structuraux les plus élevés sont enregistrées dans S9 (H’ = 1.19 ; J = 0.95 ; D = 0.78) et en période automnale (H’=0.72 ; J= 0.69 ; D= 0.65). O. nana est corrélée positivement avec l’espèce A. latisetosa ; ces deux espèces sont, par ailleurs, corrélées avec le pH, la conductivité et la salinité des eaux de la lagune.