Cette étude porte sur la détermination des caractéristiques physicochimiques et l'évaluation du niveau d'eutrophisation de l'écosystème lagunaire d'El Mellah.Les résultats des mesures des paramètres physicochimiques de l'eau montrent des variations saisonnières.La température est l'un des facteurs qui répond le plus aux changements climatiques ; ce paramètre montre des écarts de 20°C du fait que la lagune présente une faible masse d'eau et surtout une faible profondeur. La salinité montre des écarts importants (13 g/l) entre la saison sèche et la saison humide.Les 2 facteurs conservatifs que sont la salinité et la température déterminent des paramètres non conservatifs tel que l'oxygène dissous du lac. L'oxygénation du lac est fortement influencée par la température, la salinité et par le taux de renouvellement des eaux ; toutefois la biomasse microalgale et la masse chlorophyllienne qu'elle représente contribuent fortement à l'oxygénation de la lagune qui à certaines périodes montre des teneurs en oxygène dissous élevées correspondant à une sursaturation de l'eau en oxygène.Les teneurs moyennes en chlorophylle a et les valeurs de la transparence indiquent que la lagune, se classerait dans la catégorie eutrophe.Les résultats de l'étude qualitative et quantitative du phytoplancton montrent que sur les 98 genres recensés, 26 sont reconnus potentiellement toxiques. Il ressort de ces observations que les taux de genres toxiques les plus forts sont enregistrés par les Dinoflagellés et les Cyanobactéries (les ¾ des genres recensés dans chaque classe) ; Les Diatomées toxiques représentent moins du 1/20ème du nombre de genres rattachés à cette classe. Par ailleurs, l'évaluation des densités moyennes phytoplanctoniques montre que les densités les plus fortes sont relevées en été et en automne.Les résultats de notre comptage font, toutefois, apparaître la prédominance des individus de la classe des Dinoflagellés qui comptabilisent une densité moyenne proche de 680 000 ind/l ; ces derniers sont suivis par les Diatomées qui représentent moins de 50% de la densité moyenne enregistrée par les Dinoflagellés. Quant aux Cyanobactéries leur densité moyenne représente moins du 1/100ème de celle enregistrée par les Dinoflagellés.