Contribution à la prédiction de la structure secondaire et letiaire des proteines

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Dans ce travail de recherche, nous abordons le problème de la classification des récepteurs couplés aux protéines G (RCPGs) de la classe A (rhodopsin like) à travers l'application des approches de bioinformatique, pour l'analyse des séquences protéiques et nucléiques récupérées à partir de la base de données GPCRDB, ainsi que plusieurs techniques statistiques multivariées ont été utilisées, notamment l'analyse en composantes principales et l'analyse discriminante. Nous avons pris en considération un critère de classification qui n'a pas été élucidé auparavant, il s'agit de la composition du gène en un seul exon, la raison pour laquelle notre étude est focalisée sur les RCPGs encodés par des gènes monoexonique. Par la suite, nous avons constaté d'une part, une distribution chromosomique non uniforme avec près du tiers de ces RCPGs situés sur les chromosomes 1 et 11, et d'autre part la prédominance des récepteurs olfactifs par rapports aux autres types de récepteurs. Puis, nous avons classé ces RCPGs en se basant sur la composition en acides aminés des séquences protéiques et la fréquence des bases (A+T) et (C+G) des séquences codantes. Ces fonctions discriminantes nous ont permis de classer des RCPGs connus sous le nom de protéines putatives (orphelines) identifiées dans la base des données, en les affectant aux groupes définis par Fredriksson et ses collaborateurs (Fredriksson et al, 2003). Enfin, nous avons proposé la composition des motifs des récepteurs olfactifs et putatifs qui sont responsables de la liaison avec leurs ligands. Les données apportées par ce travail montrent l'intérêt de la classification des RCPGs et l'identification des motifs qui constituent une base pour future recherche plus précise.