Le manque de connaissance des caractéristiques physiologiques et des diverses productions des champignons microscopiques, avait été la raison pour laquelle ces microorganismes fortement actifs dans la nature, sont longtemps restés négligés dans les études biologiques, avant qu'ils ne s'y imposent, au cours de ces dernières décennies, par l'éclaircissement de leurs larges utilités en plusieurs domaines de biotechnologie. Enzymes, acides organiques et alcools industriels, représentent les principaux produits élaborés par les mycètes en phase de croissance ; ils sont très utilisés en chimie industrielle et surtout en alimentaire (transformations, fermentation, aromatisation, etc) [13], [14], [56], [64]. Depuis leurs découvertes, les métabolites secondaires dont les vitamines (à savoir la riboflavine), les hormones (telles que gibbérellines, auxines, cytokinines, ?-hydroxy progesterone) et les antibiotiques (principalement les antifongiques tels la griséofulvine et les ?-lactamines dont les pénicillines) ont apporté d'énormes sauts à la médecine et à l'industrie pharmaceutique [31], [38], [46], [64]. La nuisance des microchampignons apparaît à travers une fraction de leur production secondaire, à l'origine de dégâts mortels affectant de nombreux organismes vivants par diverses voies ; il s'agit des mycotoxines incluant entre autres, les aflatoxines les alcaloides, les trichothécènes, les fumonisines, les ochratoxines et la patuline [3]. Les micromycètes servent à l'heure actuelle de matériel biologique d'un intérêt primordial dans les laboratoires de recherche, destinés à la compréhension de nombreux phénomènes physiologiques ou de biologie moleculaire. En raison de leur propriété de décomposeurs, assurée par des réactions biochimiques faisant appel à des enzymes extra et intracellulaires, les micromycètes sont intégrés également dans les processus de l'épuration biologique par élimination de la matière polluante à la surface des écosystèmes naturels dont les eaux douces stagnantes ou peu agitées. Celles-ci représentent une ressource en eau, la plus importante dans le Parc National d'El-Kala (PNEK) de l'extrême Nord-est Algérien, appartenant au complexe des zones humides de la Numidie orientale. Le lac Oubeira, un élément principal de cet éco-complexe d'hydrosystèmes, reconnu de valeurs écologiques et socio-économiques considérables à l'échelle mondiale, a été déclaré comme réserve naturelle d'importance internationale, protégée par la convention de Ramsar (Iran), le 4 Novembre 1983. Le lac représente l'arbi d'une très riche collection d'être vivants et est destiné à de nombreuses utilisation anthropiques assurant les différents besoins de la société qui ne cesse d'évoluer à son voisinage. En conséquence des effets indésirables dont la pollution d'origine urbaine, agricole et pétrolière, entraînent progressivement la zone vers une situation de plus en plus incontrôlable, menaçant sa biodiversité distinguée et la conduisent à la perte d'un grand nombre de formes de vie. Ceci continue à affaiblir la richesse biologique de la zone et par conséquent à dégrader sa valeur au niveau international (Boumezbeur, 2001). A l'égard de ce danger prévu, des démarches de recherche scientifique sont en plein essor afin d'accomplir l'image qualitative et quantitative de la diversité biologique qui sert d'outil de base constituant la plateforme pour la mise en évidence des valeurs réelles de ce site. Les données physiques et écologiques que traduisent, entre autres, les bilans généraux, les inventaires de faune et de flore et les atlas des zones humides, conduisent à la mise en œuvre de plans de gestion durable ambitionnant la sauvegarde de cette fortune rare. Des efforts entrepris par les autorités nationales concernées (Direction Générale des Forêts, Ministère des Ressources en Eau, Chercheurs Scientifique et autres) soutenues, encouragées et même financées par l'union européenne et le fond mondial pour la nature, restent néanmoins insuffisants. Nous avons pris l'initiative d'établir un inventaire de la microflore fongique filamenteuse suite à l'identification des moisissures isolées à partir d'un échantillon d'eau prélevé à proximité de l'un et le plus important des quatre points de rejet d'eaux résiduaires urbaines, au niveau de l'écluse de l'Oued El Messida.